在1977年至1991年间，学校的各项工作走上了正常的发展轨道，在改革开放中全面稳步发展。与新时期高等医学教育发展要求相适应，党政机构逐步健全，教学工作不断开拓进取，积极发展对外交流，强化后勤、基建管理，面向经济建设进行科技开发，思想政治教育锐意创新，取得了一系列可喜成绩。
1977年恢复了高等学校统一招生考试制度，要求考生必须具有高中毕业和同等学历文化水平，通过统一入学文化考试，由学校以德、智、体全面衡量，择优录取。1981年国家颁发了“中华人民共和国学位条例暂行实施办法”，规定高等学校本科学生完成教学计划的各项要求，学业成绩优良者，授予学士学位。
同年，山东医学院医学系恢复招生，学制5年。山东医学院自1977年后除设有本科医学、药学专业外还设有口腔、卫生专业。1985年又增设护理学专业。学制均为五年（药学专业四年），在医学专业中，1979年经卫生部批准，山东医学院设立英语医学班。学制为六年（1988年改为五年），1988年经国家教委批准试办七年制临床医学本科硕士生班。
为保证教学质量，卫生部于1978年1月颁发了高等医学院校医学专业教学计划（试行草案），遵照卫生部计划，制订了山东医学院各专业教学计划。医学专业由23门课程增加为30门课程，学时由2617增加为3467学时。毕业实习安排在县级以上医院进行。
根据中共中央和中共SD省委的有关指示精神和工作部署，
学校重抓规章制度建设，恢复了过去一些行之有效的管理办法，制订了各职能机构的职责范围，实行考勤，进行了“三定”（即定规模、定任务、定编制）。总务后勤设备、图书馆等工作在为教学科研第一线服务的思想指导下，克服重重困难，保证了教学、科研的物资设备供应，改善了教师的生活、学习、工作条件。
多学科、多层次、多种形式办学
1985年在山东医学院发展的历史上是具有重要意义的一年，5月14日卫生部以(85)卫教科字第34号文批准学校更名为“山东医科大学”，学校的更名说明了国家将赋于更重的任务，也意味着学校在发展上又进入了一个新的阶段。
在学校更名的同年，增设了高级护理专业，至此学校有了临床医学、预防医学、口腔医学、药学、护理学5个专业，有硕士研究生、博士研究生，有本科生、专科生；有夜大学、函授大学；1988年学校又增设了七年制（临床医学）专业，学校成了一个多学科、多层次、多种形式办学的综合性医科大学。
为适应这种形式，在机构设置上也发生了变化。如职工教育办公室于1989年撤销成立成人教育处，负责管理夜大学、函授大学、专业证书班及进修班等。研究生科从科研处分出成立了研究生部。此外还成立了基建处，第二附院筹建处和外事处等。根据学校工作的需要，截至1990年底，学校教学行政单位设有基础医学部、临床医学部、预防医学系、药学系、口腔系、护理系、图书馆、社会科学部等8个系级单位；行政管理机构设有校长办公室、教务处、科研处、总务处、人事处、计财处、设备处、研究生部、成人教育处、学生处、外事处、科技开发办公室、保卫处（公安处）、基建处、监察室、审计办公室、实验中心、二附院筹建处等18个处级单位；医疗机构设有附属医院、口腔医院；党委系统管理机构设有纪律检查委员会、党委办公室、组织部、宣传部、统战部、老干部处等部门；群众团体设有工会和团委。
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