包拯请求裁减内侍，减少不必要的费用，按条文督促各路监司尽忠职守。御史府可以自己举荐所属官员，减少官吏一年的休假日期，这些建议都得以施行。由于包拯力劝赵祯立太子，惹恼了赵祯，被调任开封府，暂时代理府尹之职。
到任之后，包拯上疏要求治理惠民河。惠民河也称蔡河，自东京至通许，直达淮河。后里为了水运之便，又从新郑引闵水汇入，使之流量大增。当时惠民河常涨水为患，发大水时经常冲坏了官私庐舍数万，以致城中要用船渡人。包拯查知河水泛滥的原因是大官们私筑园榭，侵占惠民河，以故河塞不通。于是包拯毅然下令，将所有跨河修建的楼台、花园、水榭全部拆毁，使河水得以畅通。权贵持伪增步数的地券与包拯相争，包拯通过实地测量、验证，揭示其伪，并上朝劾奏，要求严惩。
包拯又整顿吏风，改革诉讼制度。开封府规定，凡告状的人，必须先将状纸交给守门府吏，再由府吏转呈，是否审理，何时审理，则由府吏通知。由于诉讼者不能面见长官，府吏往往借此敲诈勒索，营私舞弊，有冤屈者常因送不起钱财而告状无门。包拯革除此弊，大开正门，使告状者可直接到公堂见官纳状，自陈冤屈，于是审案也更能公正合理。
东京有很多皇亲国戚、达官显贵，因此以难于治理著称。包拯却立朝刚毅，凡以私人关系请托者，一概拒绝，因而将东京治理得令行禁止。正因他执法严峻，不徇私情，因此威名震动都下，贵戚宦官为之敛手，闻者皆惮之。
包拯为人刚强坚毅，贵戚宦官因此而大为收敛，听说的人都很害怕他。人们把包拯笑比做黄河水清一样极难发生的事情。小孩和妇女，也知道他的名声，叫他“包待制”或“包龙图”。京城里的人因此说：“暗中行贿疏不通关系的人，有阎罗王和包老头。”
次年，包拯以权御史中丞职领转运使、提点刑狱考课院。嘉祐四年，时任三司使的张方平由于买土豪的财产。包拯上奏弹劾，张方平被免官。宋祁接任，包拯又弹劾他。宋祁被免后，赵祯就由包拯以枢密直学士之职暂任三司使。
欧阳修却道：“包拯是所谓牵牛踩踏了田而夺了人家的牛，处罚已经很重了。可他自己贪图肥缺，来做那个职务，不也是过分吗？”包拯听说之后，因此待在家里，以躲避代理三司使的任命。赵祯不肯答应，过了许久，包拯才出府任职。
嘉祐六年，包拯升任给事中，正式担任三司使。接着，拜枢密副使，调任礼部侍郎，但他都推辞不受。嘉祐七年五月，包拯在枢密院视事时，突然得病。同月二十四日，包拯病逝，终年六十四岁。赵祯亲临吊唁，并为他停朝一日。追赠礼部尚书，谥号“孝肃”。
包拯性情严峻刚正，憎恶办事小吏苟杂刻薄，务求忠诚厚道。他虽然非常憎恨厌恶，但从没有不施行忠恕之道。他跟人交往不随意附和，不以巧言令色取悦人。
他平常没有私人信件，连朋友、亲戚都断绝来往。虽然地位高贵，穿的衣服、用的器物、吃的饮食跟当百姓时一样。
包拯曾留下家训：“后世子孙仕安者有犯赃滥者，不得放归本家；死后，不得葬于大茔之中。不从吾者，非吾子孙。仰珙刊石，竖于堂层东壁，以诏后世。”时人称他有凛然不可夺之节，有人说情，他喜欢当面折辱人。包拯为人清正刚直得近乎执拗，甚至还有些不近人情，但这正是他的独特、可贵、可敬之处！
嘉祐年间，富弼为相，欧阳修任翰林学士，包拯任御史中丞，胡瑗在太学为侍讲，集天下之望。当时士大夫相传道：“富公真宰相，欧阳永叔真翰林学士，包老真中丞，胡公真先生。”于是四真之名，传颂天下。
不久，文彦博告老辞职，富弼因母丧丁忧。就是王德用之前曾召为枢密使，此时也已经被免职，刘沆也被罢去。赵祯于是任命韩琦同平章事，宋庠、田况为枢密使，张昪为副使。
韩琦就职朝廷枢要位置，首先遇到的一大难题就是赵祯的建嗣问题。