护国军前锋抵达泸州对岸的蓝田坝一带时，张敬尧带领的北洋军吴佩孚旅和川军李炳之旅已先一步进入泸州。这样，加上泸州原有的川军熊祥生旅，袁军在泸总兵力达三个旅，一万五千人之多，且其装备优良，战斗力较强。
而蔡锷所率领的中路主军仅三千多人，加上刘存厚师川军约一千五百人，川边义勇军约九百人，总数仅为五千多人。而这五千多人中，战斗力较强的只有滇军的三千人。很明显，敌我双方兵力悬殊。
于是，二月八日，会攻泸州战斗一打响，护国军就处于极为不利的境地。
袁军依仗优势兵力和早有准备，不仅有效地阻击了董鸿勋支队的侧面进攻，而且于二月九日晚派兵乘夜偷渡长江，突袭月亮岩。
刚反水的陈礼门团因军纪涣散，遇袭不敌仓惶溃退。月亮岩、蓝田坝遂相继失守，团长陈礼门羞愧自戕。
董鸿勋支队孤悬江北，后无援军，随时有被敌围歼之虞。只好于二月十一日，原路撤回纳溪。这样，护国军初次会攻泸州的计划功败垂成。
蔡锷率护国军第一军总司令部于二月五日进入永宁后，十分关注攻泸战况，却一直未得战报。后接刘存厚来电方知守泸援军已到。
蔡锷分析，敌援军到后，“则彼我兵力，相差悬殊。而助攻之川军，恐未必能如我军之勇劲，殊大可虞”。
随即命随行的炮连、警卫连及机枪排兼程行进，驰援董鸿勋部，并令后续部队何海清支队和朱德支队迅速来永宁集结待命。尽管如此，但终未挽回攻泸败局。
十二日，袁军见护国军兵力单薄，即调兵遣将，渡江进攻纳溪，将董鸿勋、刘存厚两部包围在纳溪安福街一隅，妄图将护国军一举歼灭。董、刘两部一面奋力抵抗，一面急电蔡锷派主力增援。
护国军首攻泸州不遂，蔡锷正筹划调集兵力，再攻泸州。接到纳溪救援电后，急命刘云峰抽调精锐李文汉营由叙府顺江而下支援纳溪。同时，又命第二梯团长赵又新率何海清支队、禄国藩支队，总参谋长罗佩金及第三梯团长顾品珍率朱德支队紧急增援纳溪。一场保卫纳溪的战斗就此打响。
十三日晚，李文汉营、何海清支队、禄国藩支队相继赶到纳溪，冲破敌人包围，解救董、刘两部。十七日，第三梯团第六支队长朱.德奉命率队由永宁经过两天的急行军也赶到了纳溪东面的棉花坡战场(今纳溪区棉花坡镇)，加入纳溪保卫战。
二十二日下午，蔡锷抱病率第一军司令部抵纳溪，设司令部于安福街，亲自指挥战斗。此后，护国军中路军主力与数倍于己的袁军在泸州南岸的纳溪及其周边的棉花坡、菱角塘、蓝田坝、双河场等地展开拉锯式恶战，“川南全部化为战场”。
叙府得而复失，纳溪三易其手，“实吾国有枪炮后之第一战也”，曾参加此役的第三支队长的朱德后来深有体会地回忆道：“打大仗，我还是在那时学出来的。”
激战一直进行到三月初，但由于袁军源源不断增加，而护国军既无援军可用，又乏饷械、弹药补充，部队也连续作战，极度疲劳。为保存实力，蔡锷不得不接受罗佩金、刘存厚等人的建议，于三月四日命令各支队撤出纳溪及其周边地区，向永宁方向徐徐引退。
撤退时秩序井然，袁军慑于滇军威风竟不敢发一追兵。
袁军冯玉祥旅首先进入纳溪。冯玉祥本想把他的部队撤到陕西去，可是还没有行动，正赶上护国军退出纳溪，他就乘机攻入。这样一来，冯玉祥便立了大功。
三月七日，袁世凯因此而破格封冯玉祥为三等男爵，策令中称赞冯是：“忠勇奋发，极堪嘉奖。”
同日，张敬尧得授勋三位加陆军上将衔，旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田都晋级陆军中将，熊祥生部团长刘湘也得到勋五位和陆军少将。
这个时期可算是护国军最黯淡的一个时期，在袁军攻占纳溪的同时，护国军右翼军退出了綦江。广西方面龙觐光军攻占剥隘，湖南方面袁军周文炳师于三月十三日攻占麻阳。
大皇帝袁世凯这