话说爱伦·蕾普利自从逃出诺史莫号后，在太空中休眠五十七年才抵达地球。首先被地球附近的太空站内恢复清醒，一位韦兰-尤坦尼集团代表卡特·伯克告知她在太空漂流的周期，以及她的女儿亚曼达于十年前就以66岁的高龄去世的消息。
之后，蕾普利将诺史莫号上的灾难过程汇报给公司高层时，在座的高层却不采信她的故事，更撤销她的太空飞行执照。
当初爆发异形的lv-426号行星，如今被韦兰集团实行过地球化工程而变成一个太空殖民家园“希望之地”。有一家人于星球上拾荒过程中无意间进入之前发现异形蛋体的外星船，其中一人因此同样受到感染，导致殖民地于几小时后和地球失联。
伯克与一名陆战队中尉戈曼希望蕾普利能一同前去殖民地调查，蕾普利因为近期挥之不去的噩梦，使她决定再次面对恐惧来解脱。蕾普利与伯克和戈曼登上战舰苏拉克号，见到由士官长艾朋率领的精英陆战队。但队伍中包括一位机器人主教，蕾普利因为之前的经历而对机器人有敌意，因此对主教感到厌恶。
众人抵达后用一架登陆船到星球表面，发现殖民地内部一片狼藉、空无一人。在医疗实验室中保留六只放进隔离水仓中的抱脸体，众人靠生物探测器找到唯一幸存的小女孩纽特。蕾普利安慰并照料受惊吓的纽特后，得知基地出了她之外的所有人都已丧生。
队伍透过主控中心电脑得知大量居民聚集在地下三层的核聚变发电厂中，仅除蕾普利、纽特、伯克和戈曼留在装甲战车中以外，其他人则下去调查。
队伍发现地下已经变成一个充满乳白色溶液的恐怖异形巢穴，大量居民尸体上都有从内到外爆开过的洞，一位还活着的女居民体内爆出一只异形幼体后，众人用喷火器放火将其烧死，而数十只异形转眼间跳出来袭击他们。
由于发电机冷却设备受损而将会有核爆危险，队伍无法在里面随意开枪，大部分队员集体被杀，艾朋和医护兵狄崔克被抓去作寄生体。
毫无经验的戈曼被眼前状况吓到不知所措，蕾普利则开战车冲进发电厂，接回仅幸存的三位陆战队员希克斯、哈德森和瓦丝奎兹撤退。
所有人认为该地已经回天乏术，同意蕾普利提议的用苏拉克号上的核弹摧毁整座殖民地后，希克斯联络登陆船前来接他们，但船上两名留守的队员却双双被一只登船的异形杀死，导致登陆船坠毁在太空站中。
蕾普利便带领所有人回到主控中心封死所有出入口和窗户，用所有剩余的武器坚守阵地等救援来。主教透过分析实验室里的抱脸体标本后，发现所有抱脸体都是从蛋体中孵化出，便推论异形群体中有一只类似蜂后的“母后”来产下这些蛋体。
蕾普利从主教口中得知伯克其实故意诱使居民去调查异形，他希望将异形样本带回公司实验室来制造生化武器以获利。当蕾普利威胁她会揭发他的行为时，登陆船重创发电厂内部而造成整个区域即将发生核爆炸。
主教自告奋勇透过地下管道爬到外面，透过远程操控苏拉克号登陆地面来接回众人。等待途中，蕾普利陪伴纽特睡在实验室里，但当蕾普利醒后却发现两只活着的抱脸体逃出水仓并开始袭击她们俩。
由于实验室门被反锁，蕾普利靠火灾警报器警醒希克斯等人，其他人靠打破玻璃才救出她们。蕾普利指控是伯克放出抱脸体，打算将她和纽特体内植入异形卵后偷偷运回地球，甚至计划回程时杀死其他队员以实施灭口。
伯克仍然死不认罪，就在众人一致决定对伯克实施处决时，主控中心突然断电，而外围的警戒机枪也耗尽子弹。
不久，一大群异形从天花板中闯进主控室，众人在殊死抵抗的过程中，哈德森、瓦丝奎兹和戈曼都相继牺牲；试图丢下众人自行逃跑的伯克，开门出去时被门后的异形杀死。
蕾普利和希克斯跟着纽特于她之前藏身的管道里逃生，但纽特不慎掉进底层后被一只异形抓走。主教成功调来第二架登陆船，蕾普利将希克