宽永十五年六月三日，酒井忠胜通过幕府的御用商人从本州筹集了大批军粮运抵岛原前线----这批粮食原本是走海路运输的，但在经过平户水道时，被济州舰队的淮丁十号侦查船发现，不得已后半段被迫走了陆路，所以抵达时间比预期时间晚了五天。
幕府讨伐军的士气因此略有恢复，随即重新展开了对原城方向的进攻，而原城方面的岛原-天草起义军因为之前的血战----“宽永大动乱”爆发后，发现当面幕府讨伐军数量瑞减岛原-天草起义军便萌生了打破幕府军封锁的念头，结果发起了几次莽撞的反击，但却始终没有能突破幕府军的封锁----损失了较多的兵力，因此再度面临幕府军疯狂进攻时，便显得有些力不能支了。
六月初六全天，幕府讨伐军实施了日夜不停的进攻，先后夺取城堡的两处出丸（独立棱堡），并三度攻入原城二丸，在自身失血严重的情况下，给起义军带去了不可挽回的巨大损失。
由于起义军的兵力已经下降到不足7000----根据花山京雄与天草时贞的约定，有不少于5000人的妇孺被淮甲船运走了----其中还有1500多妇孺，因此，原城的失陷已经不可挽回，无非是坚持多久而已，所以，经过尚且幸存的起义军领导人的讨论，天草时贞决定向福王府提出协助撤退的申请。
一天后，淮丙九号如期陪同淮甲三号训练船、淮甲十四号运输船出现在原城外海，船上指挥的宁虎听说天草时贞提出希望将岛原-天草起义军残部运往海外的请示，当即予以批准，于是，当天就运走了450名妇孺。
但天草时贞和宁虎都不知道，从马尼拉出发的联军已经北上8天了----原本应该是西历6月15日出发的，但因为种种原因拖延了13天，最终于农历五月三十当天出发----眼下已经到了距离那霸以南不足一天的位置上，最多还有11天就能抵达岛原一线了······
而在黑龙江方面，在俞义、姜进勇的催促下，严德桓率学兵旅甲团、丙团于当年六月初四日，乘船返回了济州岛整补了，至于许昇焘率领的学兵旅乙团、丁团并旅直属工兵队、辎兵队、中军队及随同严德桓南返的旅直属炮兵队、夜不收队等部则于两天前上路，由水路自永宁寺启程前往玄城卫一线作战。
没错，经过严德桓、许昇焘等学兵旅军官的合议，并参谋了姜进勇等黑龙江保卫团高层的意见后，福王府军做出了首先进攻松花江以西江西寨的决议，籍此来打破清军对玄城卫商栈的封锁；但严德桓、许昇焘、姜进勇等人同样不知道，一个月前皇太极已经做出了向玄城卫一线增派5500兵马的决议，所以，在以学兵旅乙团、丁团为主的福王府军沿江上行的时候，清军增援部队已经赶到了玄城卫一线，并已经展开了对玄城卫商栈的攻击。
好在，清军并未刻意增强江西寨的兵力，相反是集中力量于江东方向实施猛攻。
然而，面对清军30余门红衣火炮的猛轰，守军泰然自若，丝毫没有产生较大的畏惧。
只是，在清军猛烈的炮火下，玄城卫外围的各种防御设施受到了极大的摧残，木刺桩阵、竹签阵等都被打得支离破碎，不复成为较大的障碍。
受限于当前的材料工业，清军的火炮自然不可能持续发射，但，每当清军炮击停止的时候，大队清军就负着土袋冲出来填埋水潭，并用盾车运输木板，然后敷设在泥沼之上。
对此，守军则试图打开水闸，再次放水，但此时还没有进入松花江、黑龙江流域的丰水期，所以，开闸之后，灌入洼地的江水非常有限，即便守军动用了人工水车，也无法给清军造成更大的负面影响，因此在迫不得已的情况下，守军只能围绕泥泽和水潭展开防御。
由于泥泽、水潭边的防御设施是清军重点、优先清除的对象，因此导致了守军大多数情况下只能在暴露的环境中与提供掩护的清军交换伤亡，这绝对是兵力远不如清军的商栈守军所能承受的，因此，在经过慎重权衡后，玄城卫商栈保卫团指挥官于通决心放弃对商栈最