在朱由崧避居卫辉的这段时间里，局势还在进一步发展：
首先，李自成派侄儿、制将军李过率闯军后营北追孙传庭、高杰于延安，迫使孙传庭和高杰“东走宜川、河冰适合，遂渡河入蒲州，绝蒲津以守”，幸而当李过追到黄河边时，“冰解不得渡，乃止”。
其次，田见秀南追高汝利于汉中，“汝利遁入蜀中，寻复降”，结果田见秀搂草打兔子，顺手攻破了汉中城，迫使封地在汉中的瑞王朱常浩一样南逃四川避难。
在李过和田见秀追亡逐北的时候，贺珍、刘宗敏、袁宗第、党守素等部西追白广恩于固原，白广恩见势不妙，便举城投降；另一明将左光先“闻之，亦降”；明将陈永福则担心李自成不忘开封之役中被己部箭伤左目的事，所以拥兵观望，李自成便派白广恩去劝说，终于让让陈永福下定决心“弃暗投明”。
孙传庭、高杰、高汝利、白广恩、左光先、陈永福等人或逃或降之后，清除了周边潜在威胁的李自成便派兵攻打榆林、宁夏、甘州等地。
榆林是延绥镇镇城所在，原是明军经营了两百多年的要地，如果明军有斗志的话，并非守不住，但延绥镇总兵王定为闯军的声势所吓破了胆，听到闯军开到，便“诡言讨河套贼，率所部遁去”，以至于榆林城内的兵力十分薄弱。
虽然，整饬榆林中路管米脂绥德等处按察副使都任、延绥镇副总兵惠显、参将刘廷杰，及里居将帅尤世威、王世钦、卸任延绥总兵李昌龄等人都坚持抵抗，但由于兵力实在不足，所以榆林明军从崇祯十六年十一月十五日一直坚持到了当月二十七日，终于坚持不下去了，都任等人或战死，或被俘后被杀，由此，明军在西北的最后要点之一的榆林卫就此陷落。
榆林失陷后，闯军转攻宁夏，明宁夏镇总兵官抚民抵御不住闯军进攻，只能开城投降，末代庆王朱倬漼随即被闯军像猪狗一样的杀掉了。
随即，闯军又进攻了兰州，兰州开城投降，第九代肃王朱识鋐卑躬屈膝的向闯军投降，但不久之后，一家人还是被闯军杀了个干净。
兰州既下，闯军接着又进攻了凉州和庄浪两卫，两地明军也没能迟滞闯军多久，就这样，让闯军势如破竹的杀到了甘州城下。
甘州是甘肃镇镇城所在，明甘肃巡抚林日瑞据城死守，但闯军借着大雪天守城明军警惕性不高之际，果断登城，一举攻克了甘州，抓捕了林日瑞等人。
此后，起义军又夺取了西宁、庆阳等地，从平凉逃亡庆阳的末代韩王朱亶塉一家也最终难逃生天，成了闯军的刀下之鬼。
在西北全境为闯军所据的同时，李自成于崇祯十二年二十日出兵山西。
当月二十二日，自河津东渡的闯军攻克平阳。
二十一日，这支闯军便以“倡义替营首总将军”的名义向山西各地发出檄文，宣布“明朝大数已终，严刑众敛，民不堪命”，“我圣主体仁好生”，“海宇归心，渡河南而削平豫楚，入关而席卷三秦”，“不忍坐视晋燕久困于汤火”，“特遣本首于本月二十日自长安领大兵五十万，分路进征为前锋，我主提兵百万于后”，“为先牌谕文武官等，刻时度势，献城纳银，早图爵禄，如执迷相拒，许尔绅民缚献”云云······
闯军进入山西后，崇祯皇帝预感大难临头，便采取了一系列措施，试图挽救明朝的统治。
这些措施包括，派遣时任东阁大学士的李建泰督师出征、派内官监视诸边和近畿要害、向北京及周边调动军队----但给吴三桂的命令一直到崇祯十七年三月初才发布，此时已经为时过晚了----发布诏书争取人心分化闯军各部以及酝酿南迁。
说起来，崇祯皇帝其实早有南迁之意，第一次南迁的提议就是崇祯皇帝自己提出的，当时是崇祯十五年十一月间，清军第五次入关，一路所向披靡，整个直隶和山东糜烂，所以，当时崇祯皇帝便召集首辅周延儒商议，有没有可能迁都南京。
但崇祯皇帝这一提议，遭到了天启帝懿安皇后的反对，懿安皇后质问