男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！

如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。

在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。

谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。

为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手！

里面的登场人物众多，同为侦探的服部平次与他的小娘子和叶。

怪盗基德与青子，总爱猜谜的阿笠博士。

爱吃的元太，可爱的步美，小身板光彦。

小五郎妃英理，和他们的女儿毛利兰。

零，秀一，诸如此类不下几百人。

当然少不了造酒厂……

为了让作品从一开始就是解谜故事，同时由于作品播出时一般是观众用餐时段，制片方定下了一些原则。

例如以“遗体”一词代替“尸体”，让血液看起来是“黑色”而非“红色”，并回避与犯罪诡计无关的用刀刺伤或用子弹击中受害者的场景等。

因为该片要表现的并非犯罪本身而是柯南在案发后如何解开谜团，所以在播出两三年后就不再使用“杀人事件”作为剧集标题。

“话说，都这么多年，翻盖手机也变成了智能手机，柯南到底啥时候结束？”白泽提出个疑问。

“完结？已经有过设想……”柯南抚摸着下巴。

1. 柯南成功挖出黑衣组织，黑衣组织的人全部被抓住，柯南恢复原样，与灰原回到一起生活。

2. 灰原为了保护柯南牺牲了，最后柯南引来了黑衣组织的灭口，灰原为了保护柯南的安全而死亡。

3. 小兰牺牲了，最后得知柯南的真实身份后，小兰为了救柯南而牺牲。

4. 柯南的死亡，工藤也消失，大家难以接受。

然而，也有其他结局，如柯南率领众多势力团对抗黑衣组织，柯南变回新一与小兰重逢，等等。

“额，灰原呢？”白泽脑壳子有点乱。

“也有过设想，不过都只是设想而已。”柯南慢慢开口。

小哀手里掌握着APTX4869改良版制作的配方，所以黑暗组织一直没有放弃对小哀的追杀，柯南在知道了小哀的身份后，就让小哀住在阿笠博士的家里。

这一天阿笠博士和柯南元太一伙人都到外面的超市购物，柯南看出小哀的异样，但是小哀拒绝和大家一起去，原来是她已经感受到黑暗组织的伏特加和琴酒。

原来琴酒和伏特加早就盯上了小哀，只是在找合适的下手机会，伏特加把小哀打晕，和琴酒一起带着小哀离开了。

这边柯南正在紧张地想办法找到小哀，没想到小兰又不见了，柯南像往常一样回到侦探事务所，却找不到小兰姐姐，毛利小五郎这时候才开始着急，原来他以为小兰去了园子家。

柯南的好友秀一有一个很厉害的朋友水无玲奈，水无玲奈查到黑暗组织近年来一直在找的新型药，其实就是一种能控制人大脑的药，让吃了药的人完全听命于自己，只要这种药研制成功，黑暗组织就能统治日本。

没了主意的毛利小五郎和妃英理找到阿笠博士，希望能做些什么，看看能不能找到和小兰失踪有关的线索。

阿笠博士在万般无奈的情况下，把柯南就是工藤新一的事情告诉了毛利小五郎，因为他和工藤新一都已经感觉到，这次黑暗组织是要搞大事情，他们需要很多人的帮助。

毛利小五郎和妃英理听到这个消息，也没有表现出特别的惊讶，毛利小五郎本身就是侦探，对于柯南的身份不会一点也没有察觉，而妃英理有女人的直觉，很多时候看着柯南对小兰的照顾，她也隐约感觉到一些。

这个时候需要大家齐心协力的想办法去营救小哀和小兰，所以柯南的身份在这时候不是重点，阿笠博士也找来了工藤新一