立的水军旅拥有1500人，也是三个营组成。每个营分别由二个轻炮战船连和一个重炮战船连及二个护卫船连组成。这护卫船连主要配备了大量特殊器械，防止敌人跳帮作战或如火战船之类的敌船接近炮船。这三个营分别驻扎在新津城、三渡水和蔡渡，上述地方都处于水道咽喉又易守难攻，下一步修筑堡垒、码头和修船厂后，将成为控制金马河和南河的核心要地。黄大根仍为水军旅长，三名副旅长兼任营长分别为乐全安、廖泥鳅、余老挖，这三人都是精通水战之人。出人意料的是，年仅十五岁的夏大根因为在与彭山城、三渡水蒙军的作战中，发明了爆破船并作战勇猛，因功升迁为廖泥鳅营的护卫船连的一名排长。

新成立的守备旅正规部队虽然只有1000人，但是后备人员却是最多的。按照“全民皆兵、全民军训”的思路，霹雳军辖区内共有七万左右的适龄男丁，可以组训七百个连的民兵。按照霹雳军政策，又抽调民兵连的班排长组织成了七十个不脱产的基干连。霹雳军各城及屯垦点便由这些基干连守卫。经过军事考核和背景调查后，又从基干连抽调精锐组成了下辖五个连的守卫营，守卫营的训练及军事装备与野战部队一样，只不过他们的任务是带领基干连守卫灌口寨、蒲江城、百丈城等要塞和重要军民要地。守备旅另一支脱产部队则是教导营，教导营下设四个士

官连和一个军官连，分别培养士官和班长及连排长等军官。守备旅长仍由余柱担任，守卫营长由原野战营二连长石中树担任，教导营长经多方考虑由曾勇担任。这曾勇原是汪德臣部的一名汉军百夫长，因忍受不了蒙军的残暴血腥，不远千里从利州投奔霹雳军。他乃是北宋名臣曾公亮的后人，深得其先祖所著《武经总要》兵书的精髓。欧阳轩让他担任教导营长，既是看中他通晓兵法，也因为他知悉蒙军的弱点。

内卫旅虽然也只有1000人，但承担的任务极多，故除了原来的警卫连、反谍连、除奸连外，还增设了一个机要连，并将侦察连扩充为营，新成立了一个特种营。警卫连、反谍连和除奸连的人员和编制都没有变化，机要连则是负责传递、汇总、分析重要情报。侦察营则有三个侦察连，也配备了适量的马匹和小型船只。而特种营则是按欧阳轩的要求，从全军遴选精锐组成的，采用高强度的实战训练，也配备最好的武器装备，将会成为霹雳军这把利刃的刀尖。内卫旅长仍由董虎担任，副旅长兼侦察营长由原侦察连长吴青担任，另一名副旅长兼特种营长则由原野战营三连长俞三担任，他也是鸡冠山中的响水寨寨主，极为擅长偷袭、伏击、爆破等特种战法。