从畿辅而西，抵山西界，复折而南，绕开德州，下临清，渡会通河，直插济南城下。明军拒城守御死战。初二，城溃巷战死难者甚众。德王朱由枢、奉国将军朱恩赏等都城破被俘。

崇祯十二年（1639）二月，清亲王多尔衮率军饱掠后，从山东北返至天津卫，渡运河东归。三月初九，清军从青山口出关，退回辽东。是役，清军入关达半年，深入二千里，攻占一府、三州、五十五县，二关；杀明总督二、守备以上将吏百余人；俘获人口四十六万余、黄金四千余两、白银九十七万余两，中原人民所遭受的苦难和财产损失无可计量。

二月中旬，因为岳托战死，损失三十牛录，皇太极申斥和硕睿亲王多尔衮并降为亲王，同时重新组建镶红旗和汉军旗正红旗。

崇祯十二年（1639）正月，徐州做为南直隶北方门户，青枫率领两镇镇东军，五千天雄兵驻扎于此。在说服卢象升的同时，青枫为了讨好崇祯，从横波府收入中拿出七十万两补齐税银共计二百万两，送往北京户部，同时上奏继续推进南直隶兵制改革，并且想让原兵部尚书、督师卢象升戴罪立功，帮助南直隶练兵。

二月初，崇祯下旨同意青枫所奏，同时命卢象升戴罪立功，贬卢象升为南直隶兵部主事，卢象升见到崇祯的圣旨后，欣然同意了在徐州练兵三镇，以天雄军为基础，广泛吸收周边卫所之兵和河北山东流民组建，练成之后的编制为镇军镇北三镇，三镇总兵由南京兵部安置。

安置妥当，青枫带领第一镇和整编的一镇辅兵返回南京。因为徐州附近的卫所在几万兵马的震慑下，进展迅速，而南直隶卫所众多，且多为南京直辖，所以也是难啃的硬骨头。

在给崇祯的奏章中述，南直隶卫所改革后，总兵力由二十八万人减为十二万人，每年节省军饷二十万两，加上各种后勤补给、建设等各种费用，共计节省四十万两。

东部松江设置一镇，北边徐州设置三镇，西部颍州六安各设置一镇，西南安庆、太平各设置一镇。南京设置四镇。共计十二镇。