，斩首一万三千余级，最后一直追到右北平郡的无终县、土垠县、俊靡，将农民军残部消灭得干干净净。

平定河北之后，公元25年建武元年，刘秀即皇帝位，拜朱祜为建义大将军。大将军者，可节制数路将军，可见刘秀对将才一般的朱佑相当器重。

为了夺取中原重镇洛阳，公元25年建武元年七月，刘秀派吴汉为大司马，统率朱佑、刘植、坚镡、岑彭、王梁、万脩、贾复、侯进、冯异、祭遵、王霸等十一员将领围攻洛阳。

当时镇守洛阳的是更始皇帝刘玄的大司马朱鲔，朱鲔曾参杀刘縯的事件，因此固守不降。汉军久攻不下，正苦于无法破城之时，洛阳防守东城门的将领决定投降，私下里与坚镡达成协议，于次日清晨打开上东门。

坚镡马上向朱祐报告，次日清晨，城门一开，朱祐与坚镡乘机率军而入，与闻讯赶来的朱鲔部队在武库相遇，双方大战，杀伤很多，直到早餐时终因不能击破敌军，撤兵回营。

坚镡、朱祐虽然没有攻破洛阳，但朱鲔对部队的忠诚产生了怀疑，失去了死战的决心，随后刘秀又派岑彭劝降，朱鲔最终投降。

刘秀第二次大封功臣，更封朱祐为堵阳侯。

后来，残余的五校农民军与檀乡农民军合兵进扰魏郡、清河郡。

在刘秀的命令下，大司空王梁、建义大将军朱祐、执金吾贾复、偏将军王霸、杜茂、扬化将军坚镡、骑都尉刘隆、马武、阴识等九将军随大司马吴汉去清剿。汉军与农民军大战于邺东漳水之上，农民军战败，被斩首、投降的有10余万人。

为了巩固洛阳，剿灭洛阳西、南一带的流民军。

刘秀命令王常、景丹、朱祐、祭遵、王梁、臧宫一起统领大军南出箕关，向南进军，去清剿盘踞在洛阳西南地区的弘农、厌新、柏华、蛮中等流民武装，经过一年的苦战，平定了这些地方。

后来，建义大将军朱祐与景丹、吴汉、建威大将军耿弇、执金吾贾复、偏将军冯异、陈俊、左曹王常、骑都尉臧宫等击破五校军于羛阳，迫降其众五万人。

也就是说，在遇到邓奉之前，朱祐的战绩还是不错的，可这时后方南阳却先后发生了董訢、邓奉叛乱，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军，又令建义大将军朱祐、执金吾贾复、建威大将军耿弇、武威将军郭守、越骑将军刘宏、偏将军刘嘉、耿植等人为副将，率领汉军数万，南下讨伐董訢、邓奉。

就是在这里，朱祐遭遇了自己军事生涯的滑铁卢，他率部在淯阳与邓奉交战时，仅仅三个会合就让邓奉给拿下了，兵败被俘。朱祐和邓奉及他的叔叔邓晨早年就相识，又一同随刘氏兄弟起兵，因此邓奉没杀朱祐。

后来，刘秀御驾亲征去增援前期南下的汉军，邓奉见汉军势力大，决定投降，于是他就请朱祐请出来，由朱祐押着他一起来到刘秀大营中请罪。

刘秀赦免了朱祐被俘之罪，并且以劝降邓奉有功为由，恢复了朱祐所有的官职、爵位。并继续派他领兵作战，朱祐先后带兵攻占了新野、随县。

刘秀还因为邓奉之前对阴丽华有恩，想赦免了邓奉的谋反之罪，但是后来还是把邓奉给杀了，至于这是为什么，留个悬念，以后再说。

后来，为了消灭割据荆襄一带楚黎王秦丰，刘秀派遣岑彭、傅俊、臧宫、刘宏率军南征，但汉军进攻受阻，迟迟不能突破敌军防线。

后来，刘秀又令朱祐为主将，祭遵为副将，率领第二拨汉军南下，朱祐见了岑彭，两人作了分工。朱祐负责北线，对付延岑、张成，岑彭负责南线，对付秦丰、蔡宏。

分工之后，朱祐率领征虏将军祭遵与延岑大战于东阳，大破延岑，临阵斩了秦丰的大将张成，延岑率军败走，去投秦丰。

随后朱祐挥军进攻黄邮城今河南新野东，黄邮城守军望风而降，听到南线捷报频传，刘秀非常高兴，赏赐朱祐黄金三十斤。

朱祐、岑彭会师合围秦丰的都城黎丘之后，刘秀下令岑彭、傅俊率军南下，转攻盘