强度也彻底拖垮了他的身体。
公元1505年，即大明弘治18年，一代英主朱祐樘驾崩于乾清宫，得年仅36岁。他在弥留之际召刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于皇太子朱厚燳，并叮嘱诸卿说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好辅佐他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。”最后给太子朱厚燳的最后嘱咐是“任用贤臣”。
他的治国思路是很开放的，他不拘泥守旧，敢于否定前任的政策，即他的父亲明宪宗的既定政策，大胆拨乱反正。由于明成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，致使许多佞幸小人混入朝中，朱祐樘诏令朝中不可崇佛信道，将前朝的法王、国师、真人、国子等封号一律革除，处死曾经妖僧继晓，使文武百官相庆。
在人事安排上，朱祐樘完全来了一次大换血，他对前朝的纸糊三阁老、泥塑六尚书及奸佞小人如侍郎李孜省、太监梁芳、万贵妃的弟弟万喜等人，毫不手软地做了处理，将内阁首辅万安罢官，将梁芳下狱，将李孜省流放，同时，罢免右通政任杰侍郎蒯钢等千余人。但他并没有大开杀戒，史家对他的此举多有称颂文，重用贤良朱祐樘勤谨一生，处处以人为本。
他将四品以上官员名单贴在宫内文华殿壁墙上，平时熟记，做到心中有数，意在掌握官员动态，不受蒙蔽。他每天上朝听政，除早朝外，还恢复早已废弃的晚朝制度，他常披阅奏章到很晚，从来不允许太监代批奏章。有一天，仁寿宫起火，人慌马乱的救火，忙了一夜，朱祐樘没合一会眼，因此他没去上朝，就特地派人到朝堂向众大臣说明原因，向众臣请假。
在用人准则上，朱祐樘遵从唯贤唯德，大量重用贤才之士，这样，形成“弘治朝中多君子”的太平盛世局面。他制定了严格的官吏考核制度，提拔选调官员主要以政绩为主。待臣宽厚待臣下很宽厚，能推心置腹，从未鞭打过大臣，因此，君臣之间亲密无间，形同一家人。对臣下宽厚平和，京官夜返家中时，必派铺军执灯传送，这些事虽不算大，但作为一个封建皇帝能如此曲体臣下，确属相当不易了。这样，一大批以廉洁、勤奋、有事业心、以国为家的贤臣得以有机会施展才干，出现了历史上少有的良臣大集合。
朱祐樘还广开言路，虚心纳谏。每天的早晚朝之外，还每天两次在平台召见有关大臣议事，称为“平台召见”的朝参新方式。
严管宦官鉴于前朝宦官专权乱政的教训，孝宗对宦官严加管束，东厂、锦衣卫再不敢任意行事，只能奉守本职，因而几任锦衣指挥大致都能持法公允，用刑宽松。这是明中后期其他朝代所罕见的现象。废除苛法朱祐樘更正律制，对刑罚运用十分慎重。
1500年，制定《问刑条例》，1502年，编成《大明会典》，删除了原《大明律》中多项残暴的法令。他命内外慎刑狱，任用的执法官吏比较贤明公正。在位时期官员任用官吏内阁刘吉、徐溥、刘健、丘濬、李东阳、谢迁。文臣吏部尚书王恕、耿裕、屠滽、倪岳、马文升，户部尚书周洪谟、韩文、周经、佀钟、叶淇，礼部尚书傅瀚、徐琼、张升，兵部尚书余子俊、马文升、刘大夏，刑部尚书闵珪、白昂、彭韶、何乔新，工部尚书徐贯、刘璋、曾鉴，两都御史史琳、戴珊、李蕙、王宗彝，宦官何鼎、蒋琮、李广。
轻徭薄赋朱祐樘体恤民生，善待百姓，他常常减免地方的赋税。地方官奏报因灾情免赋的要求，他都无一例外地下旨同意。免税粮之外，他还给贫民麦种、牛种。他还禁止宗室、勋戚奏请田土及受人投献，禁止势力人家侵夺民利。有一次，朱祐樘特地派遣手下人送羊送酒到黄河工地上，犒劳治理黄河的刘大夏及河工人员。兴修水利明孝宗在内政治道上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。
弘治二年（1489年）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领5万人修治。弘治五年（1492年），苏松河道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯