马融所看重，甚至一直没有机会能见马融一面，只能听其高足弟子讲授，但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。
有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到疑难而不能自解。
这时，有人说郑玄精于数学，马融闻知，于是就召郑玄相见。
郑玄当场很快就圆满解决了这一疑难问题，使马融与在场弟子惊服不已，马融对卢植说：“我和你都不如他！”
自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把在平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头更进一步。
郑玄跟马融学习七年，因父母年迈需要归养，就向马融告辞返回故里。
马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。
已经四十多岁的郑玄已成为当世精通今古文经学的大师，百家之学无所不通。
他从马融那里学成回乡后，远近有数百上千人慕名投到门下，拜他为师，听他讲学。
当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。
受“党锢之祸”牵连，郑玄从四十五岁被禁锢，到五十八岁才蒙赦令，前后长达十四年。
在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了“郑学”，在中国经学发展史上做出了无与伦比的杰出贡献。
“郑学”逐渐成为“天下所宗”的儒学，郑玄也因此盛名远播。
黄巾起义爆发后，朝廷被迫大赦党人。
解除党锢禁令后，朝廷对郑玄的大名已早有所闻，于是争相聘请他入朝担任要职。
但郑玄求名而不求官，羞与外戚阉宦为伍，不愿涉足仕途，乃屡拒征辟，一心一意从事著书讲学。
曹操到兖州征剿黄巾军，郑玄避乱到徐州。
徐州牧陶谦听说郑玄到来，极为欢迎，以师友之礼接待。
郑玄把自己安顿在南城之山栖迟岩下的一所石屋里，很少出头露面，仍然夜以继日、孜孜不倦地研究儒家经典，注释《孝经》。
郑玄在徐州住了五、六年，当时孔融为北海相，对郑玄特别尊崇，他一面为郑玄修葺故居庭院，一面再三派人敦请郑玄回郡。
郑玄闻知北海被围，在太史慈向刘备求救时，命儿子郑益恩率家兵前去营救，结果反被围杀，年仅二十七岁。
郑益恩死后，有遗腹子，郑玄因其手纹与自己相似，取名叫小同。
袁绍兼督冀、青、幽、并四州，曾大宴宾客，郑玄应邀出席。
席间，对一些所谓“豪俊”提问问题进行答对，语惊四座，宾客无不折服。
袁绍乃举郑玄为茂才，并表请郑玄为左中郎将，领尚书事，郑玄婉拒。
献帝征郑玄为大司农，位列九卿，给安车一乘，所过郡县长吏送迎。
郑玄在家拜受后，便乘安车至许昌，但马上又借口有病，请求告老还乡，路经徐州暂住旧址。
刘备闻听陈登推荐郑玄修书致袁绍求救，非常惊喜，因为郑玄名气太大，又受袁绍尊崇，自己也曾听过郑玄讲学，也算自己从师，便随陈登至郑玄住处，说明来意。
郑玄记得公孙瓒与刘备曾从师自己好友卢植，也曾听过自己讲学，当年见刘备耳大有轮，手能过膝，但却不乐于读书，即知其乃“非常之人”，志不在经学，曾对卢植说过：“纵横天下蛟龙，岂能固坐禁足？”
这次刘备随陈登至家求书，言及卢植过世，公孙瓒战死，郑玄不禁感伤：“今年岁在卯，即兔年，吾已七十三岁；来年岁在辰，庚辰即为龙年，当为圣贤之坎。”
刘备不解，郑玄便对刘备说：“自觉身体不适，恐难过坎。汝等有心天下，当好自为之，不负民望。”
说罢，修书一封，交给刘备。
刘备得了向袁绍求救书信，告辞出来，对陈登表示感谢，多有恋恋不舍之