战国末期，荆轲刺秦失败牺牲。天下第一剑客盖聂受荆轲所托，护送荆轲之子荆天明躲避秦始皇追杀。
在秦国边境残月谷，盖聂一人击退三百秦国铁骑，秦始皇震怒，命丞相李斯务必铲除两人。
李斯在阴阳家东皇太一的指引下寻访到了盖聂的同门兄弟卫庄，卫庄剑术群却始终居于盖聂之下，为夺得天下第一剑的名号，卫庄答应了李斯的要求，殊不知自己已经掉入了东皇太一的圈套。
原来天明在出生之时，身上便被阴阳家偷偷种下“封眠咒印”。
逃亡路上，盖聂与天明结识了墨家众高手，以及楚国大将后人项少羽和墨家少女高月，一行人在命运的引领下进入被誉为世间最后一片净土的墨家机关城。
机关城隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒，它也是墨家弟子最后的避难所。
面对固若金汤的墨家机关城，赵高先用激将法又一次挑起卫庄的怨恨，继而又用权力诱惑卫庄，让他相信只要胡亥登基，卫庄就能拥有自己一直梦寐以求的权力与地位。
为了攻破机关城，秦始皇派出庞大的精锐之师，卫庄找到了公输家族的掌门公输仇，公输仇与墨家世代为仇，机关城严密的防守工事受到了前所未有的挑战。
卫庄刺客团中的数名高手亦纷纷出动，一时间，机关城内杀机迭起、暗流涌动。最终机关城破，被墨家巨子启动自毁装置，几百年建设而成的奇迹之城毁于一旦。
后荆天明和墨家等人来到了桑海城，联合儒家，经历一系列的围杀与逃遁，伴随着帝国夺嫡阴谋，上演一幕幕大剧。
与此同时，蜃楼也建造完成，云中君主持，准备奉始皇之命，东渡寻访仙山。
这就是秦时明月的主要背景。
其中涉及纵横家、儒家、墨家、道家、阴阳家、农家、名家、法家、兵家、医家等等，群星璀璨，思想碰撞，这是一个前所未有的灿烂时代，英雄辈出；也是一个动荡不安的时期，百姓困苦。
故事就从一个叫做盖聂的人开始。
他被称为剑圣、天下第一剑、秦国第一剑客、帝国最强剑士。
盖聂气质从容淡定，处事冷静。师出鬼谷，剑术出神入化，被称为秦国最强的剑客，在江湖上享有“剑圣“的名号，但是却意外地从秦国叛逃，带着故人荆轲之子荆天明，亡命天涯。
残月谷，被帝国三百骑兵追上，一人一剑，屠尽铁骑，却也身受重伤。
盖聂和天明逃亡途中，结识了项氏一族的少羽和墨家月儿等众人，后前往墨家据地镜湖医庄。
而另一边，卫庄则和秦国达成交易，他先后派出手下的流沙四天王追杀盖聂一行人。
盖聂杀无双鬼、与苍狼王作战后，终因伤势过重而倒下，幸被墨家“镜湖医仙“端木蓉所救。
流沙组织杀来，继续逃亡，前往墨家机关城。
山路上，他们乘坐的马车被白凤的大鸟袭击，跌落山崖。端木蓉、天明、月儿正要继续前行时，盖聂却现自己中了毒，而下毒的却是月儿。
月儿是燕国公主，因为她现了盖聂的身份，在她的记忆中，盖聂曾经杀了他的父王燕丹。
她想要盖聂死。
“其实我早说过，我的命是墨家救的，若墨家让我死，只要吩咐一声就可以了！”
盖聂看着月儿平静说道。
“啊，有蛇！”
忧伤中的月儿忽然尖叫一声。
端木蓉、天明和盖聂立即现周围出现了大量的毒蛇，已经将他们包围住。
毒蛇中，走来一位身穿红衣，妖娆万分，腰间缠绕着一条毒蛇的女子。她扫视一眼四人，看向了盖聂，娇笑一声：“就算死，也要付出代价的？”
“你是什么人，我看你不是好人！”
天明手指红衣女子喝道。
“呵呵呵，这位小兄弟，说话要当心，姐姐会生气的哦！”
红衣女子美波流转之间，施展出了幻术。
却在这时，他们之间的十余丈高空上，忽然出现一个黑影，骤然坠下，将两方人都吓了一跳。
“小心！”