但是明司礼监掌印太监兼东厂提督九千岁：魏忠贤，经过后期的学习，现已经能够熟悉掌握批阅奏折能力了，可以说在这点上比明熹宗：朱由校，略微强点。

　　再加上两人从小的主仆关系，所以才让彼此之间非常信任。

　　眼下却被东林党成员明都察院左副都御史：杨涟，给上奏弹劾自己的棋子，因此明熹宗心知肚明早晚会有这一天，也是时候跟东林党员们一较高低了。

　　于是就故意当着南北镇抚司锦衣卫、府军左右卫以及腾骧四卫与部分大臣们的面，在养心殿内说道“朕识字不多，还请忠贤念予朕听。”

　　这实际上也是在打暗语。

　　果然听出门路的明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，当即就让明司礼监秉笔太监：王体乾，负责念奏折。

　　他故意削减罪状，把重的罪名以及部分罪证直接选择不念出来，弄得明熹宗真假难辨，好坏不分，一旁的官员们则大惊失色！

　　随后明熹宗还反过来安慰九千岁让他放心，这些都是小事，回头就处置杨御史，办他个诬陷之罪。

　　不过事件虽然是平息了，但自此以后，也让九千岁对杨御史恨之入骨，还被列为东厂头号死对手。

　　6月11日，明内阁首辅：叶向高，认为事情差不多到了决裂的份上，是极不应该的，又加上有朝臣先后上疏数十次，还有人劝说叶阁老颁布这事，可以借此机会搬倒魏公公。

　　不过叶阁老经过深思熟虑后，他考虑到魏公公恐怕无法轻易除掉，只有阁臣从中斡旋，还有希望不至于酿成大祸。

　　于是就上疏陛下，称颂魏公公的勤劳，朝廷太宠爱他，盛名之下难免招致非议，应该解除他的权力，让他回老家修养，以保全他的始终。

　　尽管这样全身而退的奏折，是明哲保身之举但是魏公公看后，还是很不高兴的，他则借此机会假传圣旨为自己表功，累计一百多字，但等圣旨出来之后，叶阁老却吃惊地说道“这恐不是魏公公能够写出来的事！一定是有人代替他起草的。”

　　结果侦察后得知，此人乃是明刑部员外郎：徐大化。

　　不过魏公公虽然气愤，但因为外廷势力还很强大，他并不敢直接加害于叶阁老，可阉党徒中却有人劝导他要制造大案，从此魏公公这才下定决心要好好整治一下东林党人。

　　6月16日，明工部屯田清吏司郎中：万燝，正在督造陵墓事务，就得知明都察院左副都御史及诸廷臣们，前不久交章弹劾明司礼监掌印太监兼东厂提督的奏折，被明熹宗给压下来了。

　　不过也惹得明工部屯田清吏司郎中有些生气，他也跟着上奏弹劾阉党魏公公，称其“自营坟墓仿佛陵寝，坚阻以内官监废铜铸钱之议，内廷外朝只知有忠贤，不知有陛下？”

　　奏折呈上去之后让明司礼监掌印太监兼东厂提督大怒，他正愁被大臣们弹劾无处发泄，眼下正好拿个小官开刀立威，就矫旨让东厂锦衣卫前去廷杖一百，在贬为平民。

　　这还不算又让北镇抚司锦衣卫队散布消息称去抓万大人，结果部分阉党官员们就去万府看戏，万燝在府中被当众殴打直至趴倒在地，还被众人用脚踩踏。

　　事后仅仅过了四天，万燝便重伤身亡。

　　6月20日，刚刚升任的明都察院四川道监察御史：林汝翥，在谢恩皇帝之后就出城准备上任去了，待经过北城时，就遇到了欺压百姓为非作歹的明司礼监太监：曹进、明司设监太监：傅国兴，当场就让左右手下把这两个阉党处以〈笞刑〉。

　　事后明司礼监秉笔太监：王体乾，就以林御史乃外官却擅自处罚内监触犯朝规为由，上奏皇帝陛下，要对林御史处以廷杖之刑。

　　当时明工部屯田清吏司郎中：万燝，才因弹劾阉党被廷杖毙命，因此明都察院四川道监察御史恐冤死于挺杖之下，又不想连累人，便取消了与明内阁首辅：叶向高，的送行。

　　还偷偷逃出都门，逃到了顺