7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。

　　连同王道纯等官员也一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。

　　7月10，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人还传令让明山东总督：刘宇烈、明山东总镇总兵：杨御蕃，也来招降。

　　其中明莱州府知府与明登莱巡抚，闻讯刚到叛军军营门口，就被叛将：李九成，残忍杀害。

　　此时莱州卫城内的杨总镇总兵，也果断下令向叛军密集处开炮，导致叛军们死伤累累，还上奏朝廷请求增援，并且断绝招抚念想！

　　然而面对明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两位官员的死，也让朝廷彻底认识到了招抚政策已经无效，不应该再对孔李二人抱有任何幻想，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，也打算全力征调精兵围攻叛军。

　　甚至还从辽东都指挥使司前线，抽调了2千战斗力强悍的关宁铁骑兵前来参与平叛。

　　8月13日，朝廷任命明都察院右佥都御史：朱大典，为〖山东总镇巡抚〗前来救援莱州府。

　　很快明山东总镇巡抚：朱大典，就率领数万兵马以及关中劲旅抵达山东都指挥使司德州卫、德州左卫，一带并迅速过济南府、青州府，在率军行进到莱州府昌邑县，就此几路援军们开始集合并誓师。

　　其中关宁军由明宁远卫总兵：金国奇、明内官监太监兼登莱监军：高起潜、明宁远卫左参将：靳国臣、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明宁远卫右参将：祖宽、明宁远卫镇抚使：张韬、明宁远卫游击将军：吴三桂、明抚宁卫镇抚使：刘良佐，等将领统帅大军总计2万5千兵马出击。

　　众将们首战迎敌便斩杀了叛将：陈有时，后又分兵三路，对多达十数万的叛军发起进攻。

　　先由明宁远卫总兵：金国奇，率部从中路进攻、再由明昌平州兼居庸关总兵领招抚提督：陈洪范，率部从南路进攻、明天津卫左参将：王之富，率部从北路进攻。

　　8月20日，明军们开始进兵山东承宣布政使司登州府黄县，叛军们不得已只能倾巢出战，却抵挡不住被关宁军与北直隶地区的卫所军进攻，叛军们很快就被打败。

　　9月初2日，大明帝国南方沿海地区海盗首领：刘香，连续攻打福建承宣布政使司、广东承宣布政使司沿海州府县地区。

　　其中明广州前卫都司：许当辰，率兵围剿海盗时不幸战死！朝廷便派明福建总镇巡抚：熊文灿，升任「两广总督」事务，并且商议是否要诏抚海盗首领。

　　毕竟明延平卫游击将军：郑芝龙，就是被朝廷所诏抚的海盗之一，因此明两广总督：熊文灿，决定再次采取诏抚政策。

　　而海盗首领：刘香，便佯沿海卫所引诱明军出来，结果明广州府兵备道兼广东海道副使：洪云蒸、明广州府兵备道兼广东海道佥事：康承祖、明广州府左参将：夏之本、明香山守御千户：张一杰，相继入得香山县宣谕，却被海盗首领给俘获。

　　当作与明军谈判的人质。

　　12月初9日，明军大举围攻登州卫，还和明青州府总兵：刘泽清，等人一起修建了长长的围墙，来围困住登州卫地界。

　　其城三面环山，一面临海，墙有三十里长，东西俱抵大海，由明将分番戍守，导致叛军们出不来，只能朝明军开炮反击。

　　按耐不住被动的叛将：李九成，率军出城与明军交战被击杀，成功打退了叛军，把他们给逼回了城内，气得明叛将：孔有德，当即就下令放弃登州卫逃入海中避难。

　　明成山卫指挥使：龚正祥，等将领正率水师驻扎于登州卫海上，在发现叛军们准备逃跑时，便趁着叛军们准备登船之际开炮，凿船乃至焚烧多余的