黄、镶黄两旗由汗王(皇帝)直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。惟镶黄旗只属于皇帝一人。镶黄旗内除了皇帝之外，没有其他宗室。皇太极为加强君权，崇祯八年前，已将与他平起平坐的代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒借故治罪，将正黄、镶黄、正白三旗收归自己统辖，开创了清帝直接控制“上三旗“的制度。
入关以后，宗室王公皆分隶镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝等五旗，皇子分府全部拨入这五旗。再无入正黄与正白旗的人。如此始有上三旗，下五旗之分。实际上，上三旗与下五旗只是相对于包衣佐领而言的，而与皇族和普通旗人无关。皇室管家内务府三旗的包衣佐领，主要服务于宫廷。下五旗亦设包衣佐领，皆为王府所属，各随其主之旗。
清顺治七年(1650年)，摄政王多尔衮去世，清世祖顺治开始亲政。他为了加强对八旗掌控，亲自统领了原属多尔衮的正白旗，这样由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗;由诸王、贝勒掌控的镶白、正蓝、镶蓝、正红、镶红五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。
雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。镶黄旗又称头旗。
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