化瓦解起义军;推广寨堡团练，坚壁清野的做法，割断了起义军与人民的联系。
嘉庆十年(1805年)将起义镇压下去，在历时九年多的战争中，白莲教起义军占据或攻破州县达204个，抗击了清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁400余名，提镇等一、二品大员二十余名，清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使清王朝元气大伤，此后清朝的统治逐渐走向衰落。
镇压东南匪乱
由于清政府对民众的压榨加剧，东南沿海部分民众被迫下海为盗，从乾隆五十九年(1794年)起蔡牵在东南海上劫船越货，封锁航道，收“出洋税“，后来进一步发展为反清起义。清政府命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰，铸炮负责镇压，后来李长庚阵亡，直到嘉庆十五年(1810年)，起义才被镇压。
镇压天理教起义
嘉庆十八年(1813年)，趁嘉庆帝离京前往热河围猎，北京防务空虚，北方爆发天理教起义，部分天理教徒在太监接应下冲进皇宫，当时正在宫内的皇次子绵宁(道光帝)用鸟枪打死了两个天理教徒，镇国公奕灏调来火器营、健锐营兵入宫，义军终因寡不敌众，被全部消灭。获悉事变后，嘉庆帝下诏罪己，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，并诱捕在城外的头目林清等。随后，各地的天理教起义陆续被镇压。
经济
蠲免钱粮
他亲政后除了他死的那年外，年年都蠲免灾区的钱粮;六十大寿还普免全国积欠钱粮，大约有两千一百多万两白银，四百多万石米。
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