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　　徐世昌在翰林院已是“板凳要坐十年冷”，到第十年终于有了转机，光绪二十三年(1897年)，袁世凯向清廷奏请徐翰林兼管新建陆军稽查全军参谋军务营务处总办(相当于秘书长兼参谋长)，徐世昌欣然就任。虽然编制、原职、级别均予保留，但总是以高就低;徐世昌却毅然离开翰林院，全力以赴，总揽全军文案并参与机密，袁世凯不在时且代理其职。从此他成为袁世凯的得力智囊。

　　佐理袁幕

　　徐世昌到任不久，袁世凯即因克扣年饷、诛杀无辜被人告发，军机大臣荣禄与陈奎龙负责查办。徐世昌与陈奎龙为同榜进士，私交甚笃，于是为袁世凯说请，袁世凯得以逃过一劫，使一场弥天大祸消弥于无形，袁世凯自是对徐世昌感恩不尽。徐世昌在小站练兵工作虽只两年多，但他一来便受到袁世凯的高度信任与尊重，言听计从，称之为兄;二来是翰林出身，受到将领的尊重，皆称之为师;三来工作勤奋，自学军事及英语，先后编写了《新建陆军兵略存录》及《操法详晰图说》十三册，以统筹全军训练及教育，成绩卓著，声望很高，从而奠定了自己在北洋军队中仅次于袁世凯的地位，也达到了“以文修武、以军功进身”之夙志。小站练兵，是中国军队走向近代化的里程碑，袁世凯、徐世昌皆功不可没。徐世昌最先提出了比较完整的近代化军事理论，制订了中西结合的军制、法典、军规、条令及战略徐世昌纪念币战术原则。后来的“北洋三杰”--王士珍、段祺瑞、冯国璋皆是从小站新军中成长起来的佼佼者。

　　徐世昌与袁世凯一样，即有政治野心、也有爱国热情，徐世昌在翰林院时曾因甲午战败，与数十名同事联合弹劾李鸿章;时值戊戌变法，徐世昌、袁世凯都参与了维新运动。但在关键时刻，当新旧势力交锋、维新势力将希望全部寄托在掌握军权的袁世凯身上时，袁世凯却听信了“军师”徐世昌之言:“帝虽一国之主，然当政日浅，势力薄弱;后(西太后)则两朝总持魁柄，廷臣疆帅，均其心腹，成败之数，可以预卜。与其助帝而致祸，宁附后而取功名。”袁世凯深以为然，遂向荣禄告密。在义与利的选择上，徐世昌、袁世凯很现实地选择了趋利避害。二人均以戊戌六君子之血染红了顶戴花翎，从此深受后党恩宠，平步青云。诚然，即使当时徐赞成支持新党，亦是以卵击石;“宁为玉碎，不为瓦全”，历史上又有几人不过袁世凯之恶在于阳奉阴违，两面三刀，十分险恶卑劣，故当时有民谣骂袁世凯曰:六君子，头颅送，袁项城，顶子红，卖国党，邀奇功，康与梁，在梦中，不知他，是枭雄。袁世凯因难逃其责，幕后高参徐世昌亦难辞其咎。

　　清廷重用

　　光绪二十六年(1900年)，八国联军攻入北京，慈禧太后与光绪帝西狩，徐世昌随行护驾，得到青睐。张之洞、袁世凯又交章保荐徐世昌，徐世昌遂得重用。在随后的三年中，他相继涉足清廷政务、财务、军务、学务。光绪三十年(1904年)，徐世昌得任中国历史上最后一次科举会试之阅卷大臣，也圆了徐世昌十年翰林以来主考之梦。

　　光绪三十一年(1905年)，徐世昌奉旨入值军机处，同年年底即授军机大臣，署理兵部尚书。这一年徐世昌正好五十岁。徐世昌获此殊荣，尚未停止升迁的脚步。51岁时朝廷又任徐世昌为钦差大臣，东三省总督兼管东三省将军事务，集军政大权于一身，系从一品级，各省督抚联名奏事，以徐领衔，排在直隶总督袁世凯之前。据查核，清末升迁较快的汉大臣林则徐、曾国藩、袁世凯从入仕到任总督各为20、21、21年，徐世昌虽然也是21年，但东北总督之位高权重，则为以上三人所不及。

　　而在同一年，袁世凯与张之洞皆丧失了具有实权的总督大臣之位，入京担任了奉旨办事的军机大臣。随着光绪帝与西太后的一同辞世，袁世凯的地位更岌岌可危。因光绪帝恨袁告密出卖之事;三岁溥仪即位，其父载沣为摄政王便一