建安二年（公元197年），袁术占有传国玉玺正式僭越称帝，孙策给袁术写信，劝其不可，袁术不听所劝，两人于是绝交不再有往来。

同年，曹操派议郎王誧携带汉献帝的诏书给孙策，任命他为骑都尉，袭父爵乌程侯，兼任会稽太守，并命他与吕布、陈瑀等一起讨伐袁术。孙策觉得自己统领这么多兵马，骑都尉的职务有点低了，想得到个将军的封号。于是派人向王浦透露了这个意思，王浦当即以皇帝的名义宣布孙策权代明汉将军。

当时，陈瑀军驻海西，孙策按诏书要求，整顿兵马，要去与吕布、陈瑀会面，谋划军机，参同形势。但他率军走到钱塘时，情况却发生了变化。原来陈瑀想要乘机夺取孙策的地盘。他派人秘密渡江，拿着三十多个印信给丹杨、宣城、泾县、陵阳、始安、黟县、歙县等地的大帅祖郎、焦已及吴郡乌程严白虎等，让他们作内应，等孙策的部队一开拔，马上攻取他的郡县。孙策发现这一阴谋，大怒，派吕范、徐逸统兵直扑海西，大破陈瑀，俘获他的将士、妻儿等共四千多人。陈瑀往北逃奔袁绍。

建安三年（公元198年），孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤，平定宣城以东各地，迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，之后孙策亲自进攻丹阳泾县以西。他先进击陵阳，擒获祖郎，又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。

这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长，但二人知袁术难成大器，在孙策平定丹阳时相继弃官渡江来投奔孙策，孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。又给周瑜鼓吹等军用乐队，兴建府院住处，所赠赐的东西在军中无人能比。同年，孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年的两倍。汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。

袭取庐江

建安四年（199年），孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术，军队已经整装待发，但是袁术却得病而死。[35]袁术死后，袁术的部下杨弘、张勋欲投奔孙策，不料却被庐江太守刘勋截击，全体被俘。而袁术的堂弟袁胤、女婿黄猗等人，也慑于曹操的威力，不敢守卫寿春，抬着袁术的棺木，带领袁术的家小和部曲男女，到皖城投奔刘勋。孙策以谦恭的言辞和丰厚的礼物劝说刘勋攻取上缭，在刘勋成行后。[36][37]孙策率军绕袭刘勋的大本营皖城，一举攻破。又在随后打败了救援刘勋的黄射（黄祖之子）。十二月八日，孙策进至黄祖屯兵的沙羡（今湖北嘉鱼县北）。刘表派侄儿刘虎和南阳人韩晞带领长矛队五千人赶来支援黄祖。十一日，孙策率领周瑜、吕范、程普、孙权、韩当、黄盖等同时进攻黄祖军，最后黄祖只身逃走，其妻妾子女共七人被孙策抓获，刘虎、韩晞并两万余部重被杀，跳水溺死者达一万余人，孙策缴获船只六千余艘，财物堆积如山。

建安五年（公元200年）初，孙策大败黄祖后东进豫章，驻军椒丘对虞翻说：“华歆名闻于世，但绝非我的对手。如果不早归附，将来金鼓一震，战局一开，生灵涂炭，在所难免。你先进城去，把我的意思说给他听。”虞翻领命进城，见到豫章太守华歆，陈明利害，华歆举城投降。因刘繇病故于豫章，孙策顺便将刘繇的灵柩带回归葬，并且带回其遗孤刘基等诸子，这一举动受到了王朗的来信称赞。孙策留中护军周瑜镇守巴丘，派遣太史慈为建昌都尉，治海昏，抵挡刘磐，使刘磐不敢侵扰。

这时袁绍的势力正强大，而孙策又吞并了江东，曹操已无力东顾，叹息说：“难以与他争锋了！”就打算对孙策实行安抚。于是把弟弟的女儿许配给孙策的小弟孙匡，又为儿子曹彰迎娶孙贲的女儿，用礼征召孙策的弟弟孙权、孙翊，并令扬州刺史严象举荐孙权为茂才。

建安五年（公元200年），曹操与袁绍在官渡对垒相持，孙策暗中盘