吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党！”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪口呆，不再审了。3天后，明太祖将蓝玉杀死，尔后，就是大规模的清洗和株连。胡、蓝两案，前后共杀4万人。
　　对于明太祖的滥杀，皇太子朱标深表反对，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时明太祖没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。太子怕刺手，就没有立刻去拣，于是明太祖说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉再交给你，难道不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而太子却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”明太祖大怒，拿起椅子就扔向太子，太子只好赶紧逃走。
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　　燕王进南京：
　　
　　明太祖杀了一些权位很高的大臣，把他的24个儿子分封到各地为王。明太祖认为这样做，可以巩固他建立的明王朝的统治，却不料后来引起一场大乱。
　　明太祖60多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允炆被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允炆的叔父，眼看皇位的继承权落到侄儿的手里，心里不服气。特别是明太祖的第4个儿子——燕王朱棣，他多次立过战功，对朱允炆更瞧不起了。
　　朱允炆的东宫里，有个官员叫黄子澄，是朱允炆的伴读老师。有一次，黄子澄见朱允炆一个人坐在东角门口，心事重重，便问他为什么发愁。朱允炆说：“现在几个叔父手里都有兵权，将来如何管得了他们。”黄子澄跟朱允炆讲了西汉平定七国之乱的故事来安慰他。朱允炆听后，心总算放宽了一点。
　　1398年，明太祖死了，皇太孙朱允炆继承皇位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝（建文是年号）。当时京城里就听到谣传，说几位藩王正在互相串通，准备谋反。建文帝听了这个消息害怕起来，忙让黄子澄想办法。
　　黄子澄找建文帝另一个亲信大臣齐泰一起商量。齐泰认为诸王之中，燕王兵力最强，野心最大，应该首先把燕王的权力消除掉。黄子澄不赞成这个做法，他认为燕王已有准备，先从他下手，容易引发突变。于是，两人商量好先向燕王周围的藩王下手。建文帝便依计而行。
　　燕王早就暗中练兵，准备谋反。为了麻痹建文帝，他假装得了精神病，成天胡言乱语。齐泰、黄子澄不相信燕王有病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面又秘密命令北平都使张信去捕燕王，还约定燕王府的一些官员做内应。不料张信是站在燕王一边的，反而向燕王告了密。
　　燕王是个精明人，知道建文帝是法定的皇帝，公开反叛，对自己不利，就说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰，起兵反叛。历史上把这场内战叫作：“靖难之变”（靖难是指平定内乱的意思）。
　　这场战乱差不多打了3年。到了1402年，燕军在淮北遇到朝廷派出的南军的抵抗，战斗进行得十分激烈。有些燕军将领主张暂时撤兵，燕王却坚持打到底。不久，燕军截断南军运粮的通道，发起突然袭击，南军一下子跨了。燕军势如破竹，进兵到应天城下。
　　过了几天，守卫京城的大将李景隆打开城门投降。燕王带兵进城，只见皇宫火光冲天。燕王派兵把大火扑灭时，已经烧死了不少人。他查问建文帝的下落，有人报告说，燕兵进城之前建文帝下令放火烧宫，建文帝和皇后都跳到大火里自焚了。
　　随后，燕王朱棣即了位，这就是明成祖。七月一日，朱棣于南郊大祀天地后，回到奉天殿，诏令当年六月以后，仍以洪武三十五年为纪，第二年（1403年）为永乐元年。建文帝所改易的祖宗成法，一律恢复旧制。七月初三，又诏令把建文时更定的管制改回洪武旧制。九月初四及次年五月，朱棣先后两赐封靖难功臣。十一